Keluarnya penetapan presiden no.9, 27 Februari 1948 menandai dilaksanakan perbaikan kelembagaan yang disebut dengan rasionalisasi.
Reoraganisasi dalam rangka rasionalisasi dilakukan pada kementrian pretahanan maupun pada Markas Besar Angkatan Perang. Ditetapkannya Komodor surjadarma dan Kolonel simatupang menjadi pimpinan Staf Umum Angkatan Perang dan di angkatnya Jendral Sudirman sebagai panglima besar Angkatan Perang Mobil dan Jendral Mayor Nasution sebagai wakilnya adalah tindakan awal program tersebut.
Dikeluarkannya Penetapan Presiden No.14 yakni 4 mei 1948 maka terbentuklah dua komando dalam ketentaraan indonesia dan mulai diberlakukan sebelas hari setelah dikeluarkannya Penetapan Presiden pada tanggal 15 Mei 1948. Diu Komando yang diamanatkan oleh Penpres yaitu Komando Sumatera dan Komando Jawa, tidak hanya pembentukan dua komando dalam ketentaraan Indonesia melaikan juga diterapkannya pengaturan kembali perihal kepangkatan.
Dahulunya sistem ketentaraan di indonedia tidak menggunakan sistem komando melainkan menggunakan sistem-sistem yang mudah dipecah-pecah oleh politik. banyaknya opsir-opsir yang pro kepda Front Demokrasi Rakyat- salah satu organisasi sayap kiri pada masa itu- diletakkan pada jabatan-jabatan penting dalam pimpinan ketentaraan. Dikarenakan tidaknya diterapkan sistem komando dalam ketentaraan indonesia, 35% tentara berada dalam pengaruh Front Demokrasi Rakyat.
Tingginya partisipasi masyarakat untuk memerdekakan Indonesia dan mempertahankan kedaulatan Negara pasca proklamasi kemerdekaan mengakibatkan banyaknya laskar-laskar bersenjata terbentuk. Barisan Pemberontakan Rakyat Indonesia adalah satu di antara banyaknya laskar-laskar ketentaraan di Indonesia, dipimpin oleh Bung Tomo dan bergerak di kota solo. Rasionalisasi terhadap laskar Bung Tomo ini menjadikan tantangan awal program dari kabinet,pentebutan tantangan awal dikarenakan laskar ini menolak di rasionalisasikan. Program rasionalisasi kabinet akan gagal apabila gagal dalam merasionalisasi laskar Pemberontakan Rakyat Indonesia.
Dengan diturunannya detasemen tentara paling berdisiplin dan dihormati- tentara pelajar- dibantu dengan satuan-satuan polisi pada 27 Maret 1948 akhirnya berhasil melucuti Laskar Pemberontakan Rakyat Indonesia yang dipimin oleh Bung Tomo. Selama dua hari Pertempuran pengepungan barak-barak yang berada di solo dan dengan mengenakan pakai serbai putih sebagai lambang kesucian.
Selanjutnya adalah laskar yang dipimpin oleh Letkol Marjudi, selain tidak diterapkannya sistem komando laskar yang dipimpin oleh letkol Marjudi ini juga kerap melakutan tindakan sewenang-wenang. Pada akhirnya laskar-laskar yang mencemari nama baik tentara - salah satunya laskar yang dipimpin oleh lektok marjudi- ditumpas, Marjudi dihukum mati oleh Mayor Selamed Riyadi.
Setelah berhasil dengan laskar-laskar sebelumnya, laskar-laskar yang lebih kecil menyusul mengikuti reorganisasi sistem ketentaraan di Indonesia dan patuh kepada program rasionalisasi dan reorganisasi tentara oleh kabinet hatta.
Tidak hanya laskar-laskar ketentaraan yang berada di luar keorganisasian formal tentara, semua laskar formal dan besar seperti divisi IV yang minim pengaruh FDR juga mengalami rasionalisasi dan reorganisasi kabinet Hatta. Program tersebut oleh kabinet hatta bertujuan untuk mengalihkan tenaga-tenaga produktif di sektor pertahanan ke sektor-sektor produksi.
Terdapat beberapa kelompok yang menolak program rasionalisasi oleh kabinet hatta. anggapan bahwa program ini akan memperlemah Republik Indonesia secara tegas disampaikan oleh kelompok pertama. Kelompok kedua menganggap bahwa mereka sudah tidak lagi diperlukan oleh negara, dikembalikannya mereka ke desa dan bekerja sebagai petani adalah perbuatan yang hina. Menjadi seorang tentara merupakan panggilan jiwa dan puncak dari pengabdian paling gagah dan berbakti kepada negara. Golong kedua ini adalah golong yang paling dikecewakan oleh program rasionalisasi. Golongan ketiga adalah golongan yang paling di untungkan dalam pelaksanaan rasionalisasi.
Sebagai dampak dari kekecawaan terhadap pelaksaam program rasionalisasi oleh kabinet, golong pertama dan kedua mulai menghambakan diri mereka kepada organisasi FDR yang secara terang-terangan menolak program tersebut. Perasaan kedua golongan ini dengan mudah dipermainkan oleh FDR, bahasa tentang "habis manis sepah dibuang" selalu di dengungkan kepada golongan itu. Tidak hanya itu saja, bahasa penyerahan Indonesia kepada Belanda juga ikut didengungkan oleh FDR.
